报考条件不同：自考本科报考没有前置学历要求，但是在毕业时需要交付专科证明才可以获得本科证书；函授本科报考需要具有高中或专科学历。考试时间不同：函授本科是需要参加每年10月份的全国成人高招考试。自学考试每年可以考两次，考试时间为4月份和10月份。
入学考试不同
自考没有入学考试，函授本科需要参加成人高考（入学考试）。
招生对象不同
自考还没取得专科学历的同学，可以同时进行专科和本科的考试，只需要在本科申请毕业时，出示专科学历即可。
函授报考高起专、本科的考生必须具有高中毕业文化程度；报考专升本的考生必须是具有审定核准的国民教育系列高等学校、高等教育自学考试机构颁发的专科毕业证书或以上证书的人员。
学习方式不同
自考以考生自学为主。函授教学主要以有计划、有组织、有指导的自学为主，并组织系统的集中面授，面授时间一般为周末或者晚上集中面授7-10天左右。
学制不同
自考没有学制限制，比较灵活，什么时候通过课程考试，什么时候就可以申请毕业。而函授本科有固定学制，高起本是5年，专升本是2.5年。
毕业证不同
自考毕业证上面加盖省自考委印章和主考院校印章（双章），函授本科毕业证书上面只加盖毕业学校的章（单章）。
