自考本科考生申请论文的流程是：网上申请主考院校审核、收到论文通知、确定论文题目、联系指导老师、初稿发给老师、反复修改、定稿、主考院校审核、等待答辩通知。
一、申请时间
凡是按专业考试计划取得本科规定的全部课程成绩合格的考试，可以在上半年6月、下半年12月左右(具体日期参考当教育考试院)，到当地自考办进行资格审定。自考论文申请时，需要携带自考考生本人身份证、准考证、专科毕业证书原件、各科考试成绩单以及免考证明。
二、申请缴费
自考毕业论文申请的缴费需要先和选定的指导教师沟通，考生在通过资格审定后要在规定时间(通常一周左右)到主考院校办理交费手续。主考院校收取费用之后，根据自考考生选择的专业及个人情况，为自考考生选择指导教师，同时将指导教师的联系方式告知自考考生。同时发给考生撰写毕业论文的具体材料(包括撰写方式、论文要求、交稿时间、报到答辩时间、论文参选题目等)。
三、知识讲座
自考论文知识讲座主要是给自考考生们讲解什么是自考论文?怎样选择自考论文的题目?怎样为自考论文收集素材以及结构文章等。自考论文讲座主要是帮助自考考生们更加清晰的进行自考毕业论文的写作，更好完成自考论文。
四、论文撰写
论文的正文一般包括三大部分：绪论、本论和结论，绪论是论文的开头部分。主要讲清研究的动机、写作的理由、目的和意义、提出问题、概述内容、明确中心论点等。一般要求语言简洁扼要，开门见山，引人注目。也可以简要交代确定选题的过程和有关背景材料，目的是为了使读者更好地了解全文的旨要，自考本科毕业论文字数一般5000-8000左右，重复率低于30%。
五、毕业答辩
自考毕业论文答辩时间大概在每年的6月和12月左右，具体时间需要自考考生去当地自考考办查询。自考毕业论文完成后，由自考主考院校统一安排相关专业教师，组成自考毕业论文答辩组。首先考生简单进行自己的自考论文的陈述，然后由自考答辩小组进行提问，考生作答。
原则上是所有课程考完之后才能申请。申请毕业论文一般大部分学校要求是通过所有课程，也有学校规定通过多少课程就可以报考的，具体按照学校的要求报考。毕业论文是自考的最后一个环节，也是至关重要的环节，考生需要在报名的网站上申请毕业论文报名，然后等待相关人员审核。
