函授本科和自考本科的入学考试不同：函授本科需要参加全国统一的入学考试，通常在每年的10月份；自考本科没有入学考试，考生只需在规定时间报名参加单科考试。考试时间不同：函授本科的考试时间通常在每年的10月；自考本科的考试时间每年有多次，具体次数根据不同地区的规定而定。
招生对象不同
参加函授本科的考生必须年满18周岁，如果选择专升本，考生必须取得国家承认的专科学历才有报考资格。只要是中国合法的公民都可以报考自考本科，没有年龄、学历、种族等的限制，只要在申请本科毕业前，取得国家承认的专科学历即可。
考试方式不同
现在一般所说的函授本科指的是成教本科。学生只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。自考本科没有入学考试，报名之后就可以入学就读。
学习形式不同
自考主要由学生自主学习、完成课业，而函授平时学生自主学习，寒暑假、节假日等到服务站进行面授学习。
考试难度不同
自考的考试难度较高，需要考生具备较强的自学能力和自律性。函授的考试难度与成人高考相当，但由于教学方式的不同，考生需要更加注重自主学习和备考。
学制不同
自考没有学制，也没有学习期限，什么时候学习、考完且成绩合格，什么时候申请毕业，而函授专升本、高起专学制为2.5年，高起本学制为5年，在规定学习期限内完成学业并毕业。
