学历不同：自学考试属于非全日制学历，普通本科属于全日制学历。招生对象不同：自学考试没有学历、年龄、种族和地区的限制，普通本科招生对象为高考生。
自考本科与普通本科文凭是有区别的，普通本科文凭是正规全日制学历，自考本科文凭不是全日制学历，带有成人教育性质， 另外毕业证书的格式不一样，自考毕业证书上写着高等教育自学考试毕业证书，而普通高校的证书写着普通高校教育毕业证书，另外自考证除了主考院校的公章，还有自考委员会的章。
学制不同：自学考试没有学制的限制，考生几年考完专业课程几年可以申请毕业证书，普通本科有固定的学制限制，学制为4年。
